La unidad encargada de la coordinación a nivel nacional del programa GALILEO es la División de Prospectiva y Estudios del Transporte del Ministerio de Fomento. Además representa a España en la Unión Europea y en el Consejo de Administración de la GNSS Supervisory Authority (GSA) y evalúa aspectos políticos y programáticos (como por ejemplo la participación de terceras partes, estatutos de organismos europeos establecidos para la gestión de Galileo, etc.). En este sentido, trabaja en estrecha colaboración con Aena, organismo también dependiente de dicho ministerio y con profundo conocimiento y experiencia en el sector.
La complejidad del proyecto exige una amplia coordinación de instancias tanto a nivel europeo como nacional. Para la Fase de Desarrollo, la Agencia Espacial Europea (organismo internacional) fue cofundadora con la Comunidad Europea de la Empresa Común Galileo (GJU), teniendo un activo y destacado papel en el desarrollo técnico del segmento espacial y terreno del proyecto. En este sentido, el Ministerio de Industria, Turismo y Comercio, a través del Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI), fue el representante nacional ante la Agencia Espacial Europea (ESA) y por tanto el encargado de promover y defender los intereses de la industria nacional dentro de las actividades que realiza la Agencia.
Todos estos organismos e instituciones colaboran estrechamente para hacer realidad un proyecto tan ambicioso como GALILEO.