En lo tocante a las operaciones en vuelo, la compañía ha de preparar un Manual de Operaciones y someterlo a la Agencia Estatal de Seguridad Aérea para su aceptación/aprobación.
Además, hay algunas categorías de operaciones que no son requeridas para todos los operadores, pero sí para los que vuelen en determinadas porciones del espacio aéreo, para las que la normativa exige una aprobación específica y diferenciada, como por ejemplo, la navegación área, básica o de precisión vía satélite o equipos inerciales, la operación con separación vertical mínima reducida, operaciones en el atlántico norte, operaciones de bimotores a más de 60 minutos de distancia de un aeródromo apropiado, etc.